Hệ thống BĐCL bên trong được thiết lập xuyên suốt từ ĐHQG-HCM đến các trường Đại học thành viên. ĐHQG-HCM đã thiết lập Hội đồng BĐCL để định hướng các chính sách hoạt động hệ thống BĐCL trong ĐHQG-HCM và các trường ĐH thành viên. Bên cạnh đó, Trung tâm KT&ĐGCLĐT thuộc ĐHQG-HCM là đơn vị chuyên trách giúp ĐHQG-HCM triển khai các chính sách BĐCL và kết nối có tính hệ thống giữa ĐHQG-HCM và các trường thành viên cũng như giám sát hỗ trợ hoạt động BĐCL trong toàn hệ thống.

Trên cơ sở chính sách BĐCL ĐHQG-HCM, Trường đã xây dựng chính sách BĐCL của Trường và vận hành hệ thống BĐCL bên trong xuyên suốt từ chính sách chất lượng của Trường đến triển khai thực hiện chính sách đến từng đơn vị. Phòng BĐCL là đơn vị chuyên trách của Trường để theo dõi, tham mưu các hoạt động BĐCL bên trong của Trường.